肥料随同灌溉水进入田间的过程叫做灌溉施肥，即滴灌、地下滴灌等在灌水的同时，按照作物生长各个阶段对养分的需要和气候条件等准确将肥料补加和均匀施在根系附近，被根系直接吸收利用。
温室大棚灌溉施肥系统灌溉施肥可分为地面灌溉和地下灌溉（即加压灌溉）、注射灌溉三种。
地面灌溉
地面灌溉可分为漫灌、沟灌、波涌灌三种。漫灌是传统的将肥料撒在土壤表面然后水放到地里，水淹没整个地面，这种方法由于费水、费肥，主要是小麦田和水稻田在用。沟灌是应用多的灌溉施肥方法，主要用于蔬菜、葡萄等作物，农民先将肥料溶解在池子里或罐里在渠道灌水时将肥料加在水中进行灌溉。
加压灌溉
加压喷灌可在多种地形条件下应用，如不能用地面灌溉的不平坦土地、陡峭土地等。出水器和喷嘴的多样化有利于调节供水量和水分的渗透速率。在蔬菜大棚里通过加压形成喷灌、微喷灌、滴灌指的是应用细孔径滴灌器的灌溉技术，微灌的流量小于200升/小时。微喷灌类型有可移动时针式和线性移动支管，喷灌和滴管技术可根据作物需水量和根系分布进行供水和肥料。
肥料注入技术
肥料注入技术可分为地面灌溉中的冲施肥技术、文丘里施肥器灌溉技术和树木注射技术三种。冲施肥是常用的蔬菜灌溉施肥的一种方法，是将固体肥料或肥料溶液倒入水渠里，或是将肥料加入到肥料罐（池）中进行的施肥灌溉。该系统较简单、便宜，不需要用外部能源就可以达到较高的稀释倍数。缺点是无法控制灌溉水中的肥料注入速率和养分浓度，每次灌溉之前都得重新将肥料装入施肥罐内，节流阀增加了压力的损失使得该系统不能用于自动化操作。